机构编制管理是对机关、事业单位和其他性质组织职能定位、机构设置、人员数额及人员结构的管理，在机构职能体系建设、深化机构改革、优化资源配置等方面发挥重要作用。

机构编制审计工作流程通常可分为计划准备阶段、审计实施阶段和审计报告阶段。对于在经济责任审计中开展机构编制检查的“嵌入式”审计模式，审计人员可根据经济责任审计工作要求，合理确定工作流程。（见图1）

一是审计机构数量情况，是否存在超数量设置机构或挂牌机构实体化，以及擅自撤销、合并机构等行为。二是审计机构名称情况，是否存在擅自变更机构名称等行为。三是审计机构规格和性质情况，是否存在擅自改变机构性质、提高机构规格等行为。四是审计职责履行情况，是否存在机构职责履行不完整或超越机构职责权限范围开展工作等情况。五是审计机构经费来源和使用列支情况，是否存在通过项目经费解决违规设立和经费自理机构公用经费等行为。

一是审计人员编制数管理情况，是否存在擅自增加编制，超编录（聘）用、调任、转任等行为。二是审计各类编制管理情况，是否存在擅自增加编制种类，混编混岗，改变行政编制、政法专项编制、事业编制使用范围等行为。三是审计借调管理情况，是否存在满编或超空编数量长期借用下属单位或其他单位人员，并违规发放薪酬等行为。四是审计干部配备情况，是否存在超职数、超职级、超机构规格配备干部等行为。五是审计经费申请和使用列支情况，是否存在未按编制数和实有人数申请人员经费、虚报冒领财政资金、挤占挪用财政资金或通过项目经费安排超编人员经费等行为。

一是审计机构编制改革任务完成情况，是否在规定时限内完成机构编制改革任务，是否存在应改未改、超越改革范围改革等问题。二是审计遵守党中央关于机构改革纪律要求情况，是否存在改革前突击进人、突击提拔、交流干部和突击评定专业技术职称等情况，是否存在违反《中国共产党机构编制工作条例》规定原则和要求等行为，如伪造、虚报、瞒报、拒报机构编制统计、实名制信息和核查数据，违反规定干预下级部门职能配置、机构设置、领导职数、人员编制等行为。

在机构编制审计工作中，审计人员可以综合运用观察、询问、分析程序、检查、重新计算、函证等多种审计方法，对被审计单位机构编制管理情况进行全面、细致审计。

一是提高对机构编制审计工作的重视程度，将其摆在更加重要和突出的位置。二是完善机构编制审计制度和机制建设，提高机构编制的审计效率和效果。三是加强机构编制审计研究工作，把研究工作作为促进机构编制审计工作提质增效的动力源，并贯穿于机构编制审计全过程。四是推动机构编制审计工作成果广泛运用。